Ton alternateur est peut être naze et ne charge pas les batteries correctement.
Vérifies d'abord si elles ont la même tension débranchées après les avoir fait débiter un peu sur n'importe quoi en 12 volts.
Si non et de beaucoup, tu en as une de naze (nota, chaque élément fait 2,35 volts lorsqu'il est chargé, il y a 6 éléments).
En dessous de 11 V, la batterie est quasi foutue...
Lorsque le moteur tourne sur ton 80, les deux batteries sont en parallèle (elles se mettent en série au démarrage pour délivrer du 24 V au démarreur), tu peux en débrancher une et voir ce que cela donne sur la charge qui doit monter vers 14 Volts lorsque l'alternateur débite.
Juste après le démarrage, l'alternateur est inopérant car il lui faut un courant de démarrage suffisant pour qu'il passe en charge.
Si après 30 s et une accélération > 2000 t/mn, l'alternateur ne décolle pas, il faut envisager un défaut sur ce dernier (ou changer son électronique, chose impossible sur un 24 S à moins de changer la cosse de sortie pour lui monter une électronique de 12S)
Pour lire un peu :
http://fr.wikipedia.org/wiki/Batterie_au_plomb